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Sie ist die Wissenschaft von den Binnengewässern, also Seen, Flüssen und Bächen, und ihren Organismen. Zum Gebiet der Limnologie zählt man auch die Erforschung der Wasserhygiene und die Erhaltung des Wasserhaushaltes. Die Limnologie ist in diesem Sinne ein eigenständiges Teilgebiet der Ökologie. Im Gegensatz zum Wortsinn des gängigen englischen Begriffes der ''fresh water ecology'' beschäftigt sich die Limnologie mit dem Leben in Gewässern unabhängig vom Salzgehalt. Aus diesem Grund fällt auch das Tote Meer der Definition nach in der Zuständigkeit der Limnologie.